Марина Вяйзя в 2004 году окончила Санкт-Петербургскую государственную консерваторию им. Н.А. Римского-Корсакова по специальностям «орган» (класс Татьяны Чаусовой) и «клавесин» (класс Ивана Розанова), в 2005 году – Академию им. Яна Сибелиуса в Хельсинки по специальности «орган» (класс Олли Портана). Также обучалась в аспирантуре Санкт-Петербургской консерватории.

Принимала участие в мастер-классах Людгера Ломанна, Юна Лауквика, Вольфганга Церера, Питера ван Дейка, Лоренцо Гиельми. Будучи стипендиатом Фонда Гартов, проходила стажировку в Штутгартской высшей школе музыки и театра под руководством Людгера Ломанна.

В 1991–2013 годах служила органистом и руководителем хора в евангелическо-лютеранской церкви Святого Георгия в Колтушах (Ленинградская область). С 2009 года является главным органистом санкт-петербургского кафедрального собора Святой Марии. В 2010 году финская фирма Martti Porthan вела в соборе работы по установке необарочного органа. Марина Вяйзя участвовала в комиссии по разработке его проекта и была ответственным куратором при установке инструмента.

Как главный органист собора организует общедоступные концерты. Дважды получала специальную премию на Международном конкурсе органистов им. Микаэла Таривердиева. В качестве дипломанта конкурса провела концертный тур по Великобритании.

С 2005 года преподает на кафедре органа и клавесина Санкт-Петербургской консерватории.

В 2001–2014 годах была педагогом Теологического института Евангелическо-лютеранской церкви Ингрии, в 2010-2015 годах – педагогом кафедры органа, клавесина и карильона Санкт-Петербургского государственного университета.

Регулярно дает сольные концерты на различных площадках Санкт-Петербурга. Гастролирует в Финляндии, Швеции, Великобритании и Германии.

В 2012 году совместно с меццо-сопрано Еленой Еремеевой выпустила аудиозапись «Музыка барокко для меццо-сопрано и органа».